Un lubrifiant anatomique est un lubrifiant sécrété naturellement : le corps sécrète des lubrifiants, comme la synovie contenue dans les capsules articulaires, ou la cyprine dans le cas de la lubrification du vagin pour l'acte sexuel.

Il peut aussi s'agir d'un lubrifiant fabriqué artificiellement et utilisé pour favoriser l'introduction d'un corps étranger par un orifice naturel ou peut-être pratiqué par chirurgie. Il peut s'agir d'un acte médical, comme une endoscopie (coloscopie, gastroscopie), l'utilisation d'un spéculum, d'un thermomètre par voie rectale, d'un suppositoire... Il peut être conçu pour favoriser un rapport sexuel, on parle alors de lubrifiant sexuel ou lubrifiant intime.

Dans le cas d'un lubrifiant apporté extérieurement, le problème est triple :

• il doit être compatible avec le matériau du système pour ne pas le dégrader (par exemple rupture du préservatif)  ;
• il doit être neutre biologiquement, ne pas provoquer de maladie, de réaction allergique, de brûlure chimique, d'intoxication ;
• il ne doit pas être porteur de germes.

Lubrifiant articulaire

Les articulations mobiles (ou diarthroses) sont des mécaniques complexes dont la fonction principale est d'assurer le mouvement entre deux os en contact selon un ou plusieurs axes. Le liquide synovial (ou synovie) est un fluide clair, visqueux sécrété par la membrane synoviale (qui tapisse la face interne de la capsule articulaire) qui lubrifie les surfaces articulaires afin d'autoriser le mouvement.

• Voir les articles détaillés articulation et liquide synovial.
• Voir aussi les articles du wikilivre sur la genèse des frottements et sur le guidage par glissement.

Lubrifiant digestif

La digestion est un phénomène nécessitant le mouvement du bol alimentaire le long du tractus digestif : c'est le péristaltisme, assuré par la musculature lisse faisant partie des enveloppes du tube digestif. Ces mouvements de contraction-relâchements rythmés nécessitent un mouvement fluide des anses digestives qui sont libres dans l'abdomen, à la différence des structures digestives fixées comme le duodénum et le côlon sigmoïde.

Ces mouvements sont facilités par le liquide péritonéal, présent en particulièrement faible quantité entre les feuillets viscéraux et pariétaux du péritoine, membrane séreuse entourant intimement les organes abdominaux (péritoine viscéral) et tapissant la paroi abdominale (péritoine pariétal).

Lubrifiant sexuel

Le vagin de la femme est normalement naturellement lubrifié pendant l'excitation sexuelle par les sécrétions vaginales des glandes de Bartholin, dans la vulve. Cependant, divers facteurs (ménopause, nervosité, sécheresse des muqueuses, absence d'excitation... ) peuvent empêcher une lubrification correcte. D'autre part, même si la lubrification est présente, elle peut être insuffisante, surtout si l'orifice vaginal est insuffisamment dilaté (p. ex. la femme est vierge ou souffre de vaginisme). L'anus, par contre, n'est pas naturellement lubrifié. ^{[réf.  nécessaire]}

Une lubrification insuffisante peut occasionner des douleurs, surtout au partenaire pénétré, ainsi qu'au partenaire pénétrant. Le vagin ou l'anus peuvent être blessés.

On trouve désormais en vente de nombreux gels lubrifiant intimes à base d'eau. Ceux-ci sont compatibles avec les préservatifs. Leur usage est recommandé pour éviter la rupture de ces derniers.

On utilisait jadis de la vaseline, un corps gras dérivé du pétrole, surtout pour la sodomie. Cependant, la vaseline n'est pas particulièrement indiquée pour un usage dans le vagin. Qui plus est , elle est incompatible avec l'usage de préservatifs, qu'elle fragilise énormément, avec risque de déchirure.

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